La administración de la Asociación esta encomendada a una Secretaría General asignada con carácter permanente pero revocable a una de la Entidades Reguladoras pertenecientes a ARIAE.

A la Secretaria General le compete; organizar y coordinar los encuentros, seminarios o reuniones de reguladores recibir y distribuir toda la información de interés proporcionada o sugerida por cualquiera de sus socios, colaborar con el país sede del siguiente encuentro anual, en la preparación de la agenda, proponer iniciativas sobre proyectos de interés regulatorio a los socios de La Asociación, coordinar con el Comité de Apoyo Técnico a la Asociación y con los Grupos de Trabajo existentes su funcionamiento y desarrollo de las tareas a los efectos de la información que deba ser proporcionada a la Asamblea General, y en su caso, las instrucciones y aprobación sobre determinados asuntos que deba ser recabada de ésta última y en general la administración de la Asociación.

La Secretaría General tendrá por sede la de la Entidad Reguladora que ejerza las funciones de Secretaría.

La Secretaría General funcionará bajo la dirección de un Secretario Ejecutivo que será elegido por la Entidad Reguladora que ejerza las funciones de Secretaría General y deberá pertenecer a dicha Entidad. Esta designación será sometida a la Asamblea General quien adoptará el acuerdo válidamente con el voto favorable de dos tercios de los miembros presentes y socios representados El cargo de Secretario Ejecutivo no será remunerado.

Al Secretario Ejecutivo le compete; organizar y dirigir las acciones necesarias para mantener eficientemente el Sistema de Información de La Asociación, organizar las tareas que incumban a la Secretaría General en relación con los Eventos, Congresos y Seminarios que se celebren, coordinar y realizar los estudios que le sean encomendados, presentar un informe anual de la gestión acompañado de comentarios para ser considerado por la Asamblea General, preparar el Orden del día y las Actas de todas las reuniones de la Asamblea General, publicar y distribuir entre los socios los documentos emitidos en nombre de La Asociación, organizar y guardar los archivos de La Asociación, y supervisar la gestión de la página Web de la Asociación.

En la actualidad, la Secretaría General está asignada a la Comisión Nacional de Energía de España, y el cargo de Secretario Ejecutivo recae en Juan Carlos Jiménez, Subdirector de Estudios y Relaciones Institucionales.